Gaizka Mendieta dio sus mejores años futbolísticos en el Valencia C.F pero su trayectoria no se resumió solamente al conjunto che. Su etapa como profesional empezaría en el Castellón donde empezó a dejar muestras de su gran calidad disputando 16 encuentros con tan solo 17 años. La temporada siguiente recalaría en el Valenciapero su participación fue mínima en los comienzos ya que durante las primeras tres temporadas era un jugador secundario que frecuentaba el lateral derecho y con muy pocos minutos. Ya en la temporada 95-96 empezaría a ser un jugador fundamental adelantando su posición al centro del campo en ocasiones y disputando un promedio de 30 partidos por temporada. La temporada 96-97 no fue fácil para Gaizka con Valdano de entrenador y pese a jugar muchos minutos al final de temporada todo apuntaba a un traspaso del bilbaíno ya que el entrenador no contaba con él, pero un gran cambio esperaba a Mendieta que cambiaría su futuro.

Gaizka Mendieta: 'Southgate wasn't honest with me at Middlesbrough' | Soccer | The Guardian
 
En Septiembre de 2007 Valdano fue cesado como entrenador del Valencia C.F y la llegada de Claudio Ranieri sería fundamental para el futbolista, que a partir de ese momento se convirtió en una pieza clave para el centro del campo. El trío formado por Farinós, Mendieta, Milla y más tarde Gerard fue determinante para el futuro del equipo y con Claudoel piojoLópez en punta, formaron una sociedad letal. La temporada 98-99 sería el preludio de lo que sería la mejor etapa del club en su historia, comandada por Mendieta. Se proclamaron campeones de la Copa del Reyeliminando a Barça y Madrid, en cuartos y semis, respectivamente ganando a los culés tanto en Mestalla como en el Camp Nouy precisamente en el campo de los azulgranas anotó uno de los goles más recordados por el vasco, aquel chut impresionante tras un corner de primeras que entró por toda la escuadra de la portería defendida por Hesp. Las semifinales contra el Real Madrid no fueron menos espectaculares y el Valencia arrolló a los blancos con un contundente 6-0 en Mestallaque fue imposible de remontar en el Bernabéu. Finalmente se alzaron con la Copa en La Cartuja frente al Atlético de Madridcon dos goles del Piojo y uno de Gaizka Mendieta.
 
Los rumores de traspaso tras esa campaña fueron altísimos y el Real Madrid se postulaba como su más que posible próximo club pero la directiva estuvo atenta y consiguió la renovación del futbolista pasando de tener una cláusula de 2.000 millones de las antiguas pesetas, a unos 12 millones de euros, a 10.000 millones, unos 60. Para el Valenciafue la mejor noticia del verano ya que lo mejor estaba por llegar. La temporada 99-00 los ches se convertirían en subcampeones de la UEFA Champions League con un Mendietaestelar y una dupla con el Piojo López espectacular, el presidente valencianista llegó a decir que Mendietaera el murciélago del escudo ya que era el capitán del equipo y jugador emblema. Con unas semifinales épicas contra el Barcelona donde pasaron por encima de los culés en Mestalla con un contundente 4-1 y una derrota por la mínima en Barcelonapor 2-1 se plantaban en la final contra el Real Madrid y poco pudieron hacer ya que se vieron superados por 3-0 y el sueño de convertirse en el máximo campeón continental se desvanecía, pero no del todo.
 
La temporada siguiente todo siguió prácticamente igual y los resultados cosechados el año anterior se volvieron a repetir, consiguieron plantarse de nuevo en la final de la Champions  pero esta vez todavía fue más duro su final ya que cayeron en la tanda de penaltis. Mendieta anotó su gol, una de las especialidades del vasco al que jamás le he visto fallar un penalti. Además se le otorgó el premio a mejor centrocampista de la competición durante las dos temporadas donde se proclamaron subcampeones de Europa. Esa sería su última temporada defendiendo los colores del Valencia, y se terminó viendo como perdían la clasificación para la Champions en el último minuto de la liga 00-01 con aquella magistral chilena de Rivaldo.
 
Durante el verano se especuló mucho con su traspaso, y el Madrid seguía interesado en él pero el Valencia se mostró muy reacio a traspasarlo al conjunto de Chamartín y finalmente aceptó una oferta de la Lazio que le convertiría en el jugador español más caro de la historia, hasta aquel momento. Hoy sigue ostentando el curioso record de ser el segundo jugador más caro español, solo por detrás de Fernando Torres. Su adaptación al fútbol italiano nunca se dio y su temporada fue realmente mala, sus expectativas eran tremendas y el gran precio pagado por él, 48 millones de euros, un lastre. Al terminar la temporada y viendo que la liga italiana no favorecía nada a su juego, salió cedido al F.C.Barcelona donde los problemas vividos por aquel entonces en el conjunto catalán no dejaron brillar mucho a Mendieta. Su temporada pasó sin pena ni gloria y aunque disputó bastantes partidos, muchos fueron saliendo desde el banquillo o cuando lo hacía como titular, en pocas ocasiones terminaba los encuentros. La alta ficha que cobraba fue un condicionante para que el Barçano decidiera hacerse con sus servicios totalmente al finalizar la temporada.
 
Tras estar en Lazio y Barcelona, y con ficha todavía del conjunto italiano, se le buscó una salida que hiciese feliz a las dos partes y finalmente recaló en el Middlesbrough F.C. club al que perteneció 5 temporadas aunque apenas jugó 3 y el inicio de la cuarta. Su primera campaña en el equipo inglés fue bastante satisfactoria en cuanto a minutos y aunque su nivel estaba muy por debajo del ofrecido en temporadas anteriores fue el timón del equipo que consiguió ganar la Copa inglesa. Las siguientes dos temporadas fueron de muy poca participación enseñando el claro declive que le venía encima y finalmente una lesióna finales de 2006 pondría fin a la carrera de un espléndido futbolista que probablemente eligió mal su futuro cuando fue el momento de salir de Valencia. La lesión la arrastró hasta 2008 donde decidió colgar las botas definitivamente, viendo que no había luz al final del túnel, y despedirse del deporte que tanto amó. Actualmente juega algunos partidos en la liga indoor con el Valenciade veteranos y todavía da muestras de su excelente calidad.
 
Tiempo para el recuerdo: Gaizka Mendieta | Sobre la UEFA | UEFA.com