Nada mas concretarse el ascenso del Valladolid en junio de 2012 ante el Alcorcón, se sabía el objetivo para ese curso: la salvación, la cual debería de pasar por los goles de Javi Guerra.
Comenzó la temporada y Javi Guerra empezó de titular, como acostumbraba en sus temporadas anteriores en Pucela. Pero en la Liga BBVA no tuvo suerte y fue relegado al banquillo por el angoleño Manucho (el cual realizó su mejor temporada desde que está en Pucela, con 8 goles).
Javi Guerra acabó el 2012 con un solo gol en Primera, logrado ante el Barcelona en la última jornada del año. Veían al malagueño fuera de Pucela en el mercado invernal de 2013 y decían que Colunga (Getafe) sería su relevo en la delantera, pero el delantero andaluz se quedó en Pucela. Empezó el año y Guerra mejoró tanto en el aspecto goleador que logró otros 7 goles ante Zaragoza, Athletic, Real Sociedad, Getafe, Sevilla, Real Madrid y Deportivo. Al final de la temporada, el objetivo se cumplió: permanencia lograda, con gol de Javi Guerra.Comenzó la temporada 2013/2014 con Javi Guerra tan enchufado que lleva 12 goles en su casillero particular, marcados en Liga ante Villarreal, Levante, Málaga, Barcelona, Rayo Vallecano, Real Sociedad, Valencia, Celta (con un hat-trick) y Espanyol y en Copa del Rey ante el Rayo Vallecano.
Con los 11 goles logrados en torneo liguero, se sitúa entre los máximos goleadores de la Liga BBVAde este curso, siendo únicamente superado por Diego Costa (Atlético), Cristiano Ronaldo (Real Madrid) y Griezmann (Real Sociedad), mientras está empatado a goles con Pedro y Alexis Sánchez (Barcelona) y Uche (Villarreal).
